Tots els membres del Consell es distribueixen entre les 3 comissions de treball que funcionen actualment. Les comissions de treball es reuneixen regularment amb una periodicitat més o menys mensual de setembre a juny. Cada membre pot triar la comissió en la que vol participar intentant que en totes hi hagi representació de cada sector.

Comissió Permanent (CP)

Les funcions d'aquesta comissió se centren a activar el funcionament del CEM D'aquesta manera, la Comissió s'encarrega de fer efectives les decisions preses en les sessions plenàries que celebra el Consell, prepara i dirigeix les activitats previstes, impulsa i coordina el treball de les comissions i en recull els resultats i les propostes, publica els estudis, acords i informes, realitza la gestió administrativa derivada de les actuacions del Consell, preveu l'elaboració de la memòria anual d'activitats.

Comissió de Planificació Escolar i Equipaments (CPI)

El seu treball se centra bàsicament a fer estudis, recomanacions i propostes sobre la distribució dels centres i els alumnes a la ciutat, el procés de matriculació, els convenis i acords de col·laboració entre diverses institucions, el mapa escolar de la ciutat… i tots aquells temes referits a la planificació escolar en sentit ampli.

Comissió de Comunicació i Relacions Educació - Ciutat (CREC)

El seu treball se centra a establir i potenciar els lligams entre la ciutat i tots els ensenyaments, reglats i no reglats, amb la finalitat d'aconseguir una escola arrelada a la realitat de la ciutat, de compensar les desigualtats d'origen econòmic, social i cultural; de buscar fórmules per aconseguir una ciutat més educadora i augmentar el lligam entre les diverses institucions de la ciutat, etc.
Es treballa, alhora,  per millorar i potenciar la comunicació interna i externa del Consell a través de la dinamització de la pàgina web i el butlletí informatiu.