Tots els membres del Consell es distribueixen entre les 3 comissions de treball que funcionen actualment. Les comissions de treball es reuneixen regularment amb una periodicitat més o menys mensual de setembre a juny. Cada membre pot triar la comissió en la que vol participar intentant que en totes hi hagi representació de cada sector.

Comissió Permanent (CP)

Les funcions d'aquesta comissió se centren a activar el funcionament del CEM D'aquesta manera, la Comissió s'encarrega de fer efectives les decisions preses en les sessions plenàries que celebra el Consell, prepara i dirigeix les activitats previstes, impulsa i coordina el treball de les comissions i en recull els resultats i les propostes, publica els estudis, acords i informes, realitza la gestió administrativa derivada de les actuacions del Consell, preveu l'elaboració de la memòria anual d'activitats.

Comissió de Planificació Escolar i Equipaments (CPI)

El seu treball se centra bàsicament a fer estudis, recomanacions i propostes sobre la distribució dels centres i els alumnes a la ciutat, el procés de matriculació, els convenis i acords de col·laboració entre diverses institucions, el mapa escolar de la ciutat… i tots aquells temes referits a la planificació escolar en sentit ampli.

Comissió de Comunicació i Relacions Educació - Ciutat (CREC)

El seu treball se centra a establir i potenciar els lligams entre la ciutat i tots els ensenyaments, reglats i no reglats, amb la finalitat d'aconseguir una escola arrelada a la realitat de la ciutat, de compensar les desigualtats d'origen econòmic, social i cultural; de buscar fórmules per aconseguir una ciutat més educadora i augmentar el lligam entre les diverses institucions de la ciutat, etc.
Es treballa, alhora,  per millorar i potenciar la comunicació interna i externa del Consell a través de la dinamització de la pàgina web i el butlletí informatiu.

Comissió Educació 360

El context educatiu de Catalunya i la ciutat ha canviat a nivell legislatiu i social. En aquest sentit, el Consell veu necessari donar més visibilitat a l'educació no formal, a les entitats i associacions que generen el teixit educatiu no formal de la ciutat.

El treball de la Comissió se centra en promoure les oportunitats educatives que es troben fora del sistema reglat escolar: activitats extraescolars, de vacances, el temps de migdia i en àmbits com l’artístic, l’esportiu, el lúdic, de lleure, tecnològic...