El Consell Municipal d'Educació regeix el seu funcionament en base a un Reglament aprovat per unanimitat pel Ple de l'Ajuntament de Girona. El Reglament es va revisant per tal d’adequar-lo a la realitat educativa de la ciutat, la seva darrera revisió va ser aprovada per Ple el 20 de gener de 2025.

El Consell desenvolupa el seu treball a partir d'un ple i quatre comissions de treball:

• Comissió Permanent (CP)
• Comissió de Planificació i Equipaments (CPI)
• Comissió de Comunicació i Relacions Educació-Ciutat (CREC)
• Comissió Educació 360

El Ple és l’òrgan superior de decisió del Consell Municipal d'Educació i està integrat per tots els seus membres. Aquestes sessions plenàries es fan de manera itinerant en espais de la ciutat i se'n solen convocar tres a l'any.